Поскольку почвы зонально-климатического ряда различны по физико-химическим особенностям биоразнообразия, они формируются в коррекционном соответствии с этими факторами среды. Реакция биологических объектов отражает те изменения, которые происходят при антропогенных воздействиях на регионы, включая индивидуально-видовые свойства и климатическую зональность почв. Наиболее резкие изменения почвенного ареала и насыщающих ее живых организмов (растительной и биомассы) происходят при загрязнении воздуха, воды и в конечном итоге почвы от ТМ. Из них особенно токсичны Pb, Hg, Zn, Ni.
Анализ показывает, что живые организмы и продукты их метаболизма активно изменяют верхние почвенные слои за счет вовлечения минеральных веществ и окислительно-восстановительных процессов переработки органических веществ. При этом создание и поддержание гумосферы (или гумусового слоя) носит важный и всеобщий результат биогенной трансформации геосферы в почву. Деятельность почвенных деструкторов (бактерии, беспозвоночные, грибы) обеспечивает процесс гумификации, т.е. образование ГВ в результате окислительно-восстановительных процессов, полуконденсации, продуктов распада углеводов, белков и других соединений.
Уникальность процесса гумификации как экосистемного механизма в том, что деструкторы, изменяя среду обитания (потребляя, поставляя в среду продукты неполного распада биополимеров и др.), сами включают и поддерживают молекулярные механизмы поликондепсации ОВ.
Почва как среда обитания микроорганизмов представляет собой набор многих микросред, различающихся по количеству и природе ростовых субстратов, газовому и водному режимам, физико-химическим свойствам и др. Динамическое поведение микроорганизмов определяется тем, в какой микрозоне они оказываются.
Вклад микрофлоры - в выполнении роли деструкторов, перерабатывающих ОВ растений, их остатков и в формировании новых органических продуктов. При этом создается система полионного полимерного сорбента типа гумуса и углеводных компонентов. В почве накапливаются и ОВ, устойчивые к действию микробов.
Анализ информации о структуре почвенного слоя, химическом составе компонентов гумуса и особенностях почвенных микроорганизмов показал, что в процессах деструкции опада и образовании органической компоненты гумуса основную роль играют почвенные микроорганизмы в контакте с биотой. Можно условно считать, что гетеротрофные микроорганизмы и беспозвоночные сапрофаги отчасти дублируют друг друга в процессе разложения растительного опада. В последние годы было установлено, что взаимоотношение между животными и микроорганизмами строятся не только на конкуренции и дублировании функций, но и на основе кооперации и метабиоза. В связи с чем реальными деструкторами ОВ оказываются зоомикробные комплексы.
Большинство микроорганизмов, обитающих в почве - сапрофаги, которые не приносят вреда животным организмам. Вместе с тем, постоянно или временно в почве обитают патогенные, болезнетворные микроорганизмы, возбудители инфекционных заболеваний. Некоторые из них (главным образом постоянные обитатели почв) образуют спору - плотную оболочку, обеспечивающую им устойчивость к различным неблагоприятным воздействиям внешней среды: высокой температуре, высыханию, давлению, отсутствию питательных веществ.
Группу спорообразных бактерий принято называть клостридиями. В последние годы накопилось достаточно данных о том, что клостридии обладают способностью не только многие десятилетия сохраняться в почве в виде спор, но и размножаться в ней. К патогенным бактериям относятся возбудители таких опасных инфекционных заболеваний, как сибирская язва, газовая гангрена, столбняк, ботулизм.
Заражение человека через загрязненную почву может наступить при самых различных обстоятельствах: непосредственно при обработке почвы, уборке урожая, строительных работах и т.п. К числу наиболее опасных болезней человека и животных относится сибирские язвы - сибиреязвенная палочка, которая, попадает с мочой и испражнениями больных животных в почву, образует вокруг себя спору и в таком состоянии может сохраняться годами, особенно в каштановых и черноземных почвах. Животные, поедая корм, загрязненный этой палочкой, заражаются сибирской язвой. Человек заражается сибирской язвой, как правило, при контакте с больными или павшими животными, через продукту и сырье, полученные от больного животного (мясо, шерсть, шкура), а также при непосредственном соприкосновении с почвой.
Опасность для человека представляет и столбнячная палочка, которая обнаруживается в почве разных географических районов. Заражение человека происходит через поврежденную кожу или слизистую оболочку при контакте с зараженной почвой.
Спороносная палочка, возбудитель бутулизма - тяжелого пищевого отравления, обнаружена в среднем в 9% проб, взятых из почвы в районах Кавказа, Азовского и Каспийского морей, в Приморском крае, на Дальнем Востоке и в Санкт-Петербурге. Попадая на овощи, ягоды, фрукты, рыбу, грибы и другие продукты, при благоприятных анаэробных условиях она из споры превращается в вегетативную форму, продуцирующую токсин (яд).